Schwarzhalstaucher können grundsätzlich während des ganzen Jahres beobachtet werden, ausserhalb der Zugzeiten meist jedoch nur einzeln. Eine Brut konnte noch keine festgestellt werden. Der Frühjahrszug beginnt in der dritten März-Dekade, dauert ca. einen Monat und endet gegen Ende April. In dieser Zeit können bis ein Dutzend Individuen gezählt werden. Der Herbstzug erstreckt sich über rund 4 Monate von Anfang August bis gegen Ende November mit maximal 15 Ind. im Jahr 1983 und geht dann in den Winterbestand von 1-2 Individuen über.
In der Schweiz brütet die Art nur an wenigen Orten. Das Hauptverbreitungsgebiet liegt in Osteuropa.