Die Haubenmeise gilt gesamtschweizerisch als verbreiteter Jahrsvogel. Trotzdem wird sie vom Klingnauer Stausee eher selten gemeldet, was daran liegt, dass Feuchtgebiete und Auenwälder nicht zu ihren bevorzugten Biotopen gehören. Haubenmeisen haben nämlich ihr Schwerpunktvorkommen in den subalpinen Nadelwäldern.
Trotzdem brüten einzelne Paar beim Klingnauer Stausee. Brutvogelbestandesaufnahmen von 1996-1998 ergaben, dass im Gippinger Grien 1-3 Paare in einem Fichtenbestand brüten. Im selben Zeitraum konnte im Auenwald des Giriz jedoch keine Brut nachgewiesen werden.