Dank unterschiedlichen Tiefen und Strömungsverhältnissen finden über 20 verschiedene Fischarten im und um den Klingnauer Stausee einen Lebensraum. 

Am Hauptlauf der Aare ist das Wasser frisch und strömungsreich. Dadurch ist auch der Sauerstoffgehalt hoch und der Untergrund weitgehend frei von Sedimenten. Hier leben vor allem Bachforellen und Äschen. Verlässt man den Hauptlauf in Richtung der Flachwasserzone, trifft man ganz andere Fischarten wie Wildkarpfen oder Brachsme an. Diese bevorzugen wenig fliessende Gewässer mit warmem Wasser und weichen Böden. In den kleineren Gewässern der umliegenden Auengebiete findet man weitere Arten wie Alet oder Elritze. Sogar der Bitterling ist in der Region noch zu finden. Dieser kleine Karpfenfisch lebt gerne in Altläufen, wo er auch die Grosse Fluss- oder Teichmuschel findet. Auf diese ist er für die Eiablage und Entwicklung seiner Larven angewiesen. 

Bei den Fischen ist in der Schweiz – wie in ganz Europa – seit Jahren ein Rückgang der Bestände zu verzeichnen. Dafür ist in erster Linie der Verlust an naturnahen und miteinander vernetzen Gewässern verantwortlich. Der Kanton Aargau unternimmt grosse Anstrengungen, um dieser Entwicklung entgegen zu wirken. So wurde zum Beispiel im Koblenzer Giriz ein rund 600 Meter langer, komplett verlandeter Altlauf renaturiert und wieder mit der Aare verbunden. Für Fische sind solche Altarme als Wintereinstand und Rückzugsort bei Hochwasser von grosser Bedeutung. 

Für die Fischerei am Klingnauer Stausee gelten besondere Regeln. Da es sich um ein Naturschutzgebiet handelt, ist das Fischen nur an ausgewiesenen Stellen erlaubt. Im Übrigen herrscht ein striktes Fischereiverbot. Wo das Fischen erlaubt ist, erfahrne Sie im Merkblatt des Kantons Aargau.