Jeder Lebensraum hat eine charakteristische Pflanzengemeinschaft. Da in einer Aue zahlreiche Arten von Gewässern, aber auch trockene Bereiche vorhanden sind, ist die botanische Vielfalt besonders hoch. 

Wasserpflanzen 

In den Gewässern rund um den Klingnauer Stausee findet man eine Vielzahl teils seltener Wasserpflanzen. Dies liegt vor allem an den unterschiedlichen Wassertiefen und Strömungsverhältnissen in den Gewässern. In tiefen, stehenden Gewässern gedeiht die sogenannte Tauchblattgesellschaft. Die hier vorkommenden Wasserpflanzen, zum Beispiel das Ährige Tausendblatt (Myriophyllum spicatum), leben vollkommen untergetaucht und das Wasser trägt Blätter und Stängel. In den flacheren Bereichen findet man eine Schwimmblattgesellschaft, deren Pflanzen im Untergrund verwurzelt sind, die Blätter aber grösstenteils an der Wasseroberfläche schwimmen. Typische Vertreter sind die Grosse Teichrose (Nurphar lutea) oder die Wasserfeder (Hottonia palustris). Der bestand der Wasserfeder zählt dabei zu den grössten des Kantons Aargaus. 

Pflanzen des Röhrichts

Im Uferbereich und in den Verlandungszonen des Stausees findet man vor allem Röhrichtgesellschaften. Die Pflanzen, die hier wachsen, werden in der Regel sehr hoch. Damit können sie unterschiedliche Wasserstände ausgleichen. Ausserdem besitzen sie schmale Blätter und glatte Stängel. Die auffälligsten Arten sind das Schilf und der Breitblättrige Rohrkolben, im Volksmund auch als Kanonenputzer bekannt. Das Röhricht spielt beim Verlandlungsprozess eine wichtige Rolle, da es mit den Wurzeln den Boden festigt. Mit der zunehmenden Verladung treten auch vermehrt Seggen wie die Zierliche Segge (Carex gracilis) oder die Scharfkantige Segge (Carex acutiromes) auf. 

Ried- und Trockenwiesen

Im Übergangsbereich vom Wasser zum Land oder in regelmässig überschwemmten Flächen ist eine grosse Anzahl an Sumpfpflanzen heimisch. Durch die Verbauung der Gewässer und die Trockenlegung von Schwemmflächen ist dieser Lebensraum jedoch weitgehend verschwunden. Deshalb sind viele der hier vorkommenden Arten,wie die Sibirische Schwertlilie (Iris sibirica) oder der Gemeine Froschlöffel (Alisma plantago-aquatica), sehr selten geworden.

Auch in den Trockenwiesen findet man eine ganze Reihe an seltenen Blütenpflanzen, zum Beispiel die Skabiosen-Flockenblume (Centaurea scabiosa) oder den Dolden-Milchstern (Ornithogalum umbellatum). Im Gegensatz zu den Riedwiesen findet man diese Flächen weitab vom Wasser oder an erhöhten Lagen wie dem Uferdamm. 

Der Auenwald

Werden die Vegetationszonen in den Auengebieten nicht offen gehalten, entwickelt sich   ein Auenwald. An nassen Standorten, die regelmässig überschwemmt werden, wächst die Weichholzaue. Hier findet man schnell wachsende, Wasser-liebende Baumarten wie die Silberweide (Salix alba), Schwarzpappel (Populus nigra) und Schwarzerle (Alnus glutinosa). An trockeneren Standorten, die aber immer noch vom Grundwasser beeinflusst werden, gedeiht die Hartholzaue. Typische Bäume hier sind die Steileiche (Quercus robur) oder auch die Flatterulme (Ulmus laevis). Auenwälder zeichnen sich zudem durch eine ausgeprägte Krautschicht und zahlreiche Kletterpflanzen wie dem Wilden Hopfen (Humulus lupulus) aus. Daher erwecken sie bei BesucherInnen oft eine Dschungel-artigen Eindruck.