Die Zaunammer wurde bisher am Klingnauer Stausee dreimal nachgewiesen: 1 Ind. am 14. März 1981. Während Beringungstätigkeit wurden 11 Ind. am 10. März 1983 beringt. Mind. 1 Ind. am 24. August 2003.
Die Zaunammer brütet in trockenen, warmen Hanglagen des Rhonetals, des Juras, in Föhntälern und in Rebbaugebieten. Im Kanton Aargau brüten etwa ein halbes Dutzend Paare, wobei die Bestandesschwankungen relativ gross sind. Im Kanton Aargau wie auch gesamtschweizerisch sind die Bestände abnehmend.